暗恋十七爷的叶澜依迁怒甄嬛，放猫害她动了胎气，早产生下与十七爷的一对子女，公主灵犀和六阿哥弘瞻，甄嬛受封淑妃，尽享恩宠。但皇后诬陷甄嬛与太医温实初私通生下双子，逼迫滴血验子，温实初一怒之下自残，眉庄受惊早产一女而死，临死前将女儿托付给甄嬛。浣碧靠小像设计嫁给十七爷，小妹玉娆也嫁与慎郡王。甄远道的冤案终于得以平反，重新被皇帝重用，甄氏一族再度崛起。

　　皇后因没有子嗣，担心自己的后位不保，企图利用陵容小产陷害甄嬛，却误打误撞地让皇帝发现陵容用暖情香迷惑自己，陵容被囚禁，皇后受牵连被冷落。甄嬛亲手捶落腹中不健全的胎儿并嫁祸皇后，但皇帝顾及皇后是纯元皇后的亲妹妹，不肯重责。甄嬛从陵容遗言中发现纯元皇后死得蹊跷，于是借她人之口向皇帝告发纯元皇后惨死的真相，皇帝大怒，下旨囚禁皇后，皇后终被扳倒。赫赫入侵，大清节节败退，甄嬛设计把时疫传入敌军，摩格进京求和，但实为要挟，欲拿甄嬛与幽云二州相抵，皇帝犹豫。最后妹妹玉姚主动替姐姐和亲，甄嬛躲过一劫。

　　雍正皇帝勤政操劳过度，身体每况愈下，开始热衷炼丹术以求长生。生性多疑的皇帝因听信谣言，怀疑十七爷和甄嬛有私情，于是逼迫甄嬛毒杀十七爷，十七爷为保护甄嬛，偷换毒酒而亡，死在甄嬛的怀中。皇帝驾崩后，四阿哥弘历登基，甄嬛被尊为太后，虽然风光无限，万丈荣光，但她终究不过是一千古伤心人罢了。

　　该剧从批判的视角揭露了封建王朝对人性的摧残和迫害，它在反映古代宫廷权术斗争的同时，还揭示出“后宫女人”作为一个特殊的群体，表面上锦衣玉食、荣华富贵，但其实人人自危、朝不保夕；同时，后宫的风起云涌更不单纯是女人之间的争斗，她们的地位和荣宠与各自家族的兴衰荣辱都彼此牵连，息息相关。最终，当她们悲惨的命运被历史碾过，只得令人扼腕长叹。