郭靖无奈，只得将杨过送到终南山全真教门下，拜全真教第三代高手赵志敬为师。赵志敬心胸狭窄，因曾大败于郭靖之手，遂移恨于杨过，指示其徒鹿清笃折磨杨过。杨过忍无可忍，以义父欧阳锋传授的绝技蛤蟆功重创鹿清笃，反出全真教，逃下终南山。为逃避赵志敬的追捕，杨过误入全真教的禁区终南山下的“活死人墓”，被墓中隐居的古墓派掌门人小龙女和面丑心善的女仆孙婆婆相救。小龙女年长杨过数岁，她怜惜杨过年幼孤苦，遂收杨过为徒，传授他古墓派武功。

　　转眼数年过去了，这天，小龙女的师姐李莫愁为了盗取古墓派至上经典《玉女心经》，闯入古墓。杨过与小龙女共御强敌，但终因小龙女受伤在前而败于李莫愁之手。小龙女破逼无奈，只得放下断龙石，关闭古墓出口，钻进师父为自己准备的石棺中，准备与李莫愁同归于尽。但在棺材中却意外发现了古墓的秘道出口，小龙女与杨过死里逃生，出了古墓，经过这场生死考验，杨、龙二人感情渐渐发生变化，由师徒之谊发展成了刻骨铭心的爱恋。

　　但好事多磨，杨过与小龙女在终南山下被欧阳锋和全真教道士冲散，为了找寻小龙女，杨过漂泊江湖，无意中在华山遇上了丐帮前帮主北丐洪七公，接着欧阳锋也为找寻杨过来到华山。洪、欧阳二人是几十年的宿敌，一见面便互施绝技，斗在一起，西毒欧阳锋使出蛤蟆功和逆学九阴真经悟出的奇特武功，北丐洪七公施展自己的拿手绝学降龙十八掌和打狗棒法，打得难解难分，杨过在旁观战，从中悟出了许多武学的奥妙，受益菲浅。洪、欧阳二位绝世高手在华山之颠苦斗四天，彼此都十分钦佩，最后终于化敌为友，相抱长笑，力竭而死。杨过洒泪掩埋了两位武林前辈，信步下山。

　　一日他来到大胜关陆家店，正遇郭靖邀请中原武林高手在此大办英雄宴，准备推举武林盟主，以便率领天下武林中人相助南宋军民抗御蒙古人侵。宴会中间，蒙古国国师金轮法王及其弟子前来捣乱，杨过出于义愤，施计严惩了金轮法王的弟子，并与偶然漂流至此的小龙女联手，打败了金轮法王，为中原武林争了一口气。但当二人公开自己的爱情时，却引起轩然大波，受到了大家的嘲笑。黄蓉劝小龙女，要她和杨过中断这种恋情，以免乱了师徒之序，引起世人辱骂。小龙女为了自己心爱之人不被人轻视，听从黄蓉的劝告，再次出走。杨过为了寻找小龙女，历尽千辛万险，终于在绝情谷找到了小龙女，但自己却被带有剧毒的情花刺伤。为求得解药，杨过受到了绝情谷女谷主裘千尺的要挟，裘千尺要杨过带郭靖、黄蓉的人头来换取解毒丹药。杨过此时已知道自己的父亲杨康死于黄蓉之手，便答应了裘千尺的要求，趁机报杀父之仇。

　　杨过与小龙女来到襄阳，此时襄阳战火正浓，郭靖正率领军民抵御强敌，顽强奋战。杨过虽然身负血仇，但终于被郭靖为国为民的大侠风范打动，国恨战胜了家仇与郭靖联手并肩抗击异族的侵略。杨过情花之毒未解，右臂又被郭靖之女郭芙失手斩断，小龙女在全真派高手围攻、身负重伤后，又被鲁莽的郭芙用毒针刺伤，命在旦夕。