心胸狭窄的谢庭群对陈建军请来郑远海，只让自己负责郑远海生活，而心怀醋意。几天下来郑远海出色的完成了控制系统的数据计算，陈建军对他大加赞赏，并答应他跟舰实施海风导弹的实弹射击。在郑远海准确的数据提供下，海风导弹试射成功。

　　生意做得不错的于季东来到东江，说是来谈合同，顺便看看老同学，实际上是想见见秦思婷，三个同学自分手后再次聚到了一起，喜欢秦思婷的于季东劝她复员和自己一起办公司，郑远海则劝她不要离开部队，希望她报考军校。

　　鲁淮成暗暗地喜欢着郑远海，他没有让郑远海看出自己已经知道他是去世老战友的儿子。他开始了对郑远海培养的第三阶段，命令他读书几个月，报考舰艇学院的研究生，考不上永远不许上舰。郑远海无奈地离开自己刚刚登上的舰艇，回到了陆地宿舍，开始了枯燥，单调的复习生活。

　　苦尽甘来，郑远海终于以优异的成绩考取了舰艇学院的研究生。

　　心仪郑远海的秦思婷也追随着他，报考了军医大学，他们又相聚到了一个城市。

　　梅杏儿受到当年郑远海的鼓励，也报考了军医大学，父亲梅得贵得意地和柱子把她送到了省城，正好和秦思婷分到一个班，秦思婷是她的班长。

《旗舰》分集介绍：第六集

　　舰艇学院读研究生的郑远海，在一次海上测量课时，为了使水上测量数据更为准确，擅自将测量艇开出教学规定的范围以外，结果与一条渔船相撞，致使渔船撞翻，渔民落水手臂骨折。

　　学院对郑远海提出停课检查，听候处理的决定，郑远海悔恨自己的冒失，他来到医院探望受伤渔民，但被赶出了病房，他无奈地在一个餐厅独自喝酒，寻来的秦思婷发现了他。严厉制止了郑远海借酒消愁的行为。

　　于季东闻讯，带着钱赶到省城医院，但受伤渔民不要钱，他要求舰艇学院免考招收自己儿子入学，不然就要求学院将郑远海除名。

　　舰艇学院对受伤渔民的前一个要求无法接受，只能考虑把郑远海出名了，陈建军紧急报告基地，鲁淮成赶到舰艇学院，拜见了自己的老同学，舰院院长，强调郑远海是个不可多得的人才，希望学院能网开一面，并亲自到医院慰问受伤渔民，最终受伤渔民同意收回条件，事情圆满平息。郑远海得以继续自己的学业。

　　一天，舰艇学院研究班和军医大学女学员一起完成一次海上救护的演练。郑远海和梅杏儿被分配到一艘救生艇上，两人相见分外惊讶和兴奋，以至怠慢了演练的任务，当秦思婷在另外一条救生船上招呼他们，两人才醒过神来，这时别的学员已经将海上置放的假伤员都收到自己的艇上，只剩一具假伤员远远漂在海上，郑远海和梅杏儿决定不管多远也要把“伤员”救上来。他们朝远处划去。

　　岸边，教官对郑远海不放弃一个战友，伤员的行为表示赞赏，大家休息等待。

　　海上，那具“伤员”越漂越远，橡皮艇上的郑远海和梅杏儿奋力朝“伤员”划去。

　　岸边，秦思婷有些不安地看着海上远远的小点。

《旗舰》分集介绍：第七集

　　郑远海和梅杏儿终于将“伤员”抬上橡皮艇，这时，他们离海岸已经很远了，梅杏儿有些恐惧地看着黑云压城的大海告诉郑远海，听说有鲨鱼在这一带出现，郑远海告诉她，救生衣下面有防鲨装置，可以躲避鲨鱼的侵袭。