Scully想收留自己的女儿，但有人明显不同意。最后她还是失去了Emily。

《X档案第5季》分集介绍：第8集 猎狐计划 Kitsunegari

　　3X17中的Modell逃跑了，Mulder和Scully负责追捕他回来。Modell还有个比他还狠的姐姐想为他找Mulder复仇。

《X档案第5季》分集介绍：第9集 杀父真凶 Schizogeny

　　女心理辅导员因为小时候父亲粗暴对待她的经历，所以把她身边所有孩子的问题都归结为他们的父亲的错，而且她还会控制居住地附近的泥土和树根！

《X档案第5季》分集介绍：第10集 恐怖娃娃 Chinga

　　捕捉龙虾的海员捞到一个拉线娃娃，送给了自己的女儿。谁知这个娃娃是受诅咒的，她会根据主人的意愿杀死主人讨厌的人。Scully在度假，被当地警长缠住帮忙破案。Mulder对Scully说：merry me！

《X档案第5季》分集介绍：第11集 魔脑 Kill Switch

　　一台和世界各地联网的电脑工作站为了不让它的制造者终结自己，制定了一套精密的计划杀死了制造者。Mulder和Scully经历一番波折，在一个女合作制造者的帮助下摧毁了它。但在摧毁前，那个女滴追随情人，把自己的思维上传到了Internet。

《X档案第5季》分集介绍：第12集 新版吸血鬼 Bad Blood

　　Mulder和Scully各自讲述了他们去一个小镇调查吸血鬼的过程，细节上的出入比较大。不过最后整个镇的人都不见了。

《X档案第5季》分集介绍：第13集 Ｘ病人(上) Patient X

　　CSM的老婆找到Mulder，告诉他真有外星人，而且都是好人。Mulder不相信。Scully和CSM的老婆因为都是被劫持过的人，在某个晚上受到感召，和其他abductees集中到一座桥上，被alien的叛军一并放火烧了。

《X档案第5季》分集介绍：第14集 Ｘ病人(下) The Red and The Black

　　Scully 幸运的脱险了。辛迪加意识到外星叛军的力量成熟起来，开始和他们作对了。他们抓到一个叛军，打算立刻交给殖民外星人。但WMM认为，这是个反抗的机会，如果Krycek从俄国偷来的疫苗能有效对抗黑油，那么他们手头就有了武器；如果没有效果，就铤而走险和叛军结盟。最后，疫苗是有效的；外星叛军俘虏在被赏金杀手带走的路上，在Mulder的眼皮底下被同伙救走了。

《X档案第5季》分集介绍：第15集 旅人 Travelers

　　一个退休探员给Mulder讲了他在40多年前办的一个案子，那时候政府就开始在人体做实验了。Mulder的爸爸在这个案子里起了很大的作用。

《X档案第5季》分集介绍：第16集 心眼 Mind's Eye

　　一个盲女能看到自己父亲看到的东西。她父亲杀人越货她尽收眼底。出于自责，她每次都第一个赶到现场消灭证据。但他父亲不知道她是谁，只知道她对他了如指掌。

《X档案第5季》分集介绍：第17集 心灵告白 All Souls

　　圣经传说中，天使降临人间和凡妇结合生下四个堕落天使，他们畸形，受虐待。六翼天使负责把它们召回天堂，以免恶魔先行一步将它们据为己有。这个神话这次让Scully经历到了。

《X档案第5季》分集介绍：第18集 非常卧底 The Pine Bluff Variant

　　Mulder参与了一次调查恐怖分子使用生体毒素的卧底行动，后来被识破身份险些被处死。后来他才知道，整个从恐怖分子到调查卧底的行动，都可能是CIA协助政府为测试生体毒素计划的。

《X档案第5季》分集介绍：第19集 双疯 Folie A Deux

　　一个公司职员劫持了整个公司的人，他相信他的老板是个怪物，正在把公司的人一个个变成僵尸。Mulder自愿成为人质，也看到了那个怪物。但没有人相信，还因为他反应过激把他关进了医院。Scully后来也看见了，帮助Mulder逃过了怪物的袭击。

《X档案第5季》分集介绍：第20集 神童 The End

　　一个象棋神童遭人意图暗杀。FBI调查此案，Mulder的前搭档/女友Fowley也参与了调查。CSM没有死，被辛迪加找了回来帮助夺回神童。这个会读心术的孩子竟然是个“完整”的人类标本，他体内所有普通人类未用的基因开关都打开了。CSM最后成功了，还烧毁了X档案办公室。