尼奥在01城终于得以面对“机器大帝”（Deus Ex Machina）——机器世界的真正主宰，双方展开了谈判并达成了协议。与此同时，史密斯的能力又扩充了，凡属尼奥接触过的信息他都能分享。他找到了先知的藏身之处，并将她复制成自己，在这个过程中，他也了解到了尼奥的使命。可是他不怕，并开始在母体中无限复制自己，系统危在旦夕……

　　和“机器大帝”达成协议的尼奥被送进了母体，而史密斯正在那里等他，两人展开了一场只属于“超人”的决斗。机器与人类，两个世界的命运都取决于这一战的结果，而最后结果是……

　　恐怕不能再说下去了。紫霞美眉曾经说过：“我猜中了开头，却猜不到这个结局。”对于《黑客帝国3》来讲，恐怕导演沃卓斯基兄弟也是这么设想的。没有人知道他们会在多种可能的“最终世界”中选择那一种模式。这也是电影最后的悬念。

　　当然，这也不是说我已经把其他所有的悬念说完了，还早着呢！例如，那个小女孩到底有何特殊和重要之处？她和先知、佩瑟芬、少年有何关系？目前网上流行的解释似乎没一个很中听的。还有，火车站和梅罗纹奇的老巢是两个不同的地方，崔妮蒂他们是如何通过找阿梅来解救尼奥脱困的？佩瑟芬的最终身份是什么？此外，还有在《黑客帝国动画版》中备受青睐的“少年”，他又会是怎样的结局？太多的疑问，注定要到上映那天才END。

　　至于母体的真相，根据参加完芝加哥和纽约内部试映的革命同志们介绍，我们以前所猜想的，全错了，而且错得不轻，尤其是那个“母体中的母体（Matrix in Matrix）”理论。而电影最后的答案，基本上能让绝大部分兄弟满意。