电影故事从1895年横跨至1930年，魏德圣决定由两名素人原住民演员分别饰演青年和中年时期的英雄主角莫那鲁道，“年轻的莫那狂傲不羁、中年则是沉稳、谋略中带着杀气”，并同步公开影片中的四大主要人物：中年莫那鲁道、道泽群头目铁木瓦力斯、日警小岛源治及日军少将镰田弥彦。

　　上集：太阳旗

　　其中，上集以象征日本的《太阳旗》为名，由1895年日军占领台湾开始，演至1930年雾社冲突，并酝酿着眼于雾社公学校事件爆发前后的描述。

　　昭和5年10月27日（西元1930年），台湾总督府为纪念北白川宫能久亲王被杀，而举行台湾神社祭，雾社地区则照例举行联合运动会。当联合运动会开幕，所有日人、警察及其眷属齐聚公学校之际，赛德克雾社群之马赫坡、荷戈、波亚伦、斯库、罗多夫、塔罗湾等六部落赛德克族人，由雾社群马赫坡社头目莫那·鲁道率领发难。

　　当日清晨，雾社公学校（现今台电万大电厂雾社分部）运动会，由能高郡守小笠敬太郎主持开幕典礼，其他日本人都前来观礼，这时候预先埋伏的塞德克勇士，在莫那·鲁道攻击号令下，立刻展开猛烈的突袭，在一阵毫无预警的混战中，将运动场内134位日人一一撂倒砍杀。

　　另一方面，莫那·鲁道命令次子巴索·莫那（Baso Mona）潜入马赫坡山取材地、袭击日警，并命长子达多·莫那（Tado Mona）潜入马赫坡社警察九.度.网剧情baidu.com驻在所，亦将日警及其眷属全数格毙。后分成数队，切断日人对外的所有电话线路，陆续袭击各部落之警察驻在所，掳擭弹药、枪械。借此向雾社地区的各个部落宣告，反暴统治之圣战已经开打，终致纷纷群起响应。

　　在震惊愤怒之余，日军旋即调度派遣驻扎台中、花莲的步兵与警力，区分两路向雾社方面挺进；莫那·鲁道率领族人抗敌缠斗、辗转退守马赫坡石窟。一场双方分别为了资源与报复围剿、祖灵与灵魂尊严的异族战端，就此揭开序幕……

　　下集：彩虹桥

　　下集《彩虹桥》则进一步描述日军大队兵力进犯，与莫那·鲁道带领赛德克族浴血抵抗的过程，并深入刻画族人从容牺牲后，越过彩虹桥回归祖灵的故事。

　　接续上集赛德克族发动公学校冲突事件，致使日人遭遇殖民占领以来最大的统治危机后，日本驻台陆军少将九.度.网剧情baidu.com镰田弥彦衔命调动高达三千名以上的军警，挟以山炮、机枪等优势武力，联合前往雾社讨伐。

　　另一方面，原先对部落友善的巡查小岛源治，也因自己的妻儿在运动场上死于非命，愤怒痛苦地完全失去理智，而强迫莫那·鲁道的世仇、屯巴拉社头目铁木·瓦力斯出兵，协助日人打这场毫不擅长的山区游击战。

　　然而，世代山居的赛德克族熟悉当地绝壁地势，导致增援的日军部队始终久攻不下，伤亡无数。眼看清剿不力，日军于是改以派遣飞机投掷毒气弹，形成了原住民以猎枪、柴刀、木棍等原始武器，对抗飞机、大炮的局势。经过近一个月的激烈对峙，抗日族人死伤惨重；赛德克妇女此时也为了使自己孩子、丈夫无后顾之忧，于是纷纷先行上吊自缢；残存的男人们则在脸孔纹上赛德克记号，誓死抵抗、宁死不屈。