《X战警2》继续涉及了对未知的恐惧和宽容的主题 ，这些主题早在斯坦·李于40年前创造X战警的世界时就已经有所阐释。布莱恩·辛格说：“X战警电影在提出一系列我们都曾有过问题：我在这个世界上是独一无二的吗？我为什么如此与众不同？我又该如何适应？这些问题是永恒的，是普遍存在的，特别爱出现在青春期中。那时我们都觉得自己像变种人。”另外，团结成为了续集中的新主题，因为所有变种人必须齐心协力共仇敌忾，去对抗史崔克将军针对变种人的毁灭计划。

　　在本片中，威胁并非源自强大的变种人，而是来自于一个人类。辛格解释说：“我让人类成为续集中的反派，他将对所有变种人造成威胁，其次遭殃的还是人类。这种冲突是漫画书界的流行主题。”

　　这个人就是威廉·史崔克，他的险恶计划在攻打X教授的学校时开始显现出来。在《X战警》结尾，万磁王曾向X教授问道：“如果他们通过了反变种人法案将发生什么？如果他们来到你的学校带走你的孩子你会怎么办？”续集应验了万磁王的料想。辛格说：“史崔克是与暴力和恐怖主义无关的反派人物，他的行为并非受到扩张野心、信仰或贪婪的驱使。他的家庭遭受的灾难让他产生了仇恨和偏见，他认为应该由变种人来为他的家庭损失负责。”

　　作为史崔克的得力助手，死亡女有着与金钢狼一样的无坚不摧的利爪和惊人的复原能力，其实两者是同类，不过死亡女堪称是金钢狼的改进版，她不但动作更快，而且具有着异乎寻常的武术天赋，所以她是金钢狼最强有力的对手。死亡女的扮演者胡凯莉是空手道黑带高手，她的身手为影片增色不少，而她与金钢狼的高潮对决耗时数天才拍摄完成。

　　在续集的所有新人中，蓝魔鬼是天性最优雅的，他能隐身和瞬间移动，是X战警的重要盟友。扮演蓝魔鬼的艾伦·卡明非常喜欢这个外形凶恶而实则善良的人物，他与一位马戏团驯兽师一道完善人物的动作，而且每次拍摄前都要忍耐长达数小时的化妆过程。

　　《X战警2》中还出现了一系列新一代的变种人，包括编剧丹·哈里斯和迈克尔·道尔蒂(Michael Dougherty)在内的多位幕后影人客串了其中的多个角色，如能将肉体转变成钢身的Colossus、尖叫声能穿透鼓膜的Siryn、可以穿墙而过的Kitty Pryde和自如控制烟火的Jubilee等。

　　小淘气是新一代X战警的精神领袖，在首部中，小淘气迷恋过金钢狼，而在本片中，她与冰人萌生了真正的爱情。不过，小淘气不能触摸冰人，因为她吸收能量的超能力会伤及冰人，如何表达爱意是她面临的难题。