“科警研”为犯罪搜查的进步做了很大的贡献，警察厅副长官川濑要三为了表彰他们即将到来。可是，九十九为首的科警研成员在门口本站剧情介绍准备迎接他的时候，副长官却在他们眼前被人用来福枪击倒。虽然警察立刻封锁了附近的大楼，进行警戒，可是还是让犯人逃脱了。九十九在狙击现场发现了用血写上X的手绢，突然意识到这时“给大家的挑战书”。

　　另一天，这次轮到原警视厅搜查一课刑事部长的众议院议员尾崎幸平被人诱拐。而尾崎的车上也留有相同记号的手绢。警察因此断定这也是射杀副长官的凶手所为。犯人发表声明“48小时以内将对尾崎行刑”可是…！？而且，随着时间的流逝，第三起诱拐时间又将发生……

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　　九十九让丹原警官检查尾崎伸一郎的DNA，检查结果表明这起案件与17年前的案件有关。在搜查与17年前的案件有关的北里家时，警察厅副长官川濑说出了线索，发现下一次诱拐的目标是在东京科学博物馆做演讲的津田义一。

　　当警察到达博物馆时，犯人已经绑架了津田义一，并告知警察会场安装了10个炸弹。在疏散观众时，九十九发现了疑点，并独自一人前去调查。

　　警察在封锁会场搜查犯人时发现，津田义一并没有被绑架，实际被绑架的人居然是九十九……！