吕不韦带着赢异人一家逃往秦国。在途中由于赵军的追捕，赵姬、嬴政与吕不韦、嬴异人走散。赵姬与嬴政在吕不韦的一个无赖朋友——嫪毐的保护下逃到了赵国的深山老林。吕不韦和嬴异人则顺利回到了秦国。嬴异人见到了久别的父亲安国君，并拜只比他大三岁没有子嗣的太子妃华阳夫人为母。安国君给嬴异人改名叫子楚。

　　子楚回秦后没多久，老秦王和安国君相继驾崩。吕不韦力排众议，帮公子子楚如愿登上王位，自己则当上了丞相。在与赵国多次的交涉后，受尽苦难、离散六年之久的赵姬母子也终于回到了秦国。

　　子楚靠着吕不韦帮他找来的“催花散”，过着淫乱的生活，精血耗尽元气大伤，在淫乱时中风身亡。吕不韦多年处心积虑的计划终于得以实现，一家三口团聚在秦国的王台上！嬴政当上了国君，赵姬成了太后，而吕不韦自己则成为一代商相。在吕不韦的辅佐和苦心教育下，嬴政茁壮成长，渐渐显现了出千古一帝的风范。

　　赵姬由于独处深宫，倍感寂寞。吕不韦进太后宫陪伴，险些被嬴政捉奸在床上。吕不韦不得已将犯下淫乱之罪的嫪毐判以宫刑，做成太监，命其进宫为赵姬解烦。但是嫪毐早已买通了王神医在做宫刑时搞了手脚。赵姬在深宫忍受着这个假太监的百般折磨。

　　吕不韦按照他的意志治理的秦国。他广招门客，结识了像李斯这样的有识之士，以加固秦国的统治并帮助他排除异已。他开始编写一部容汇百家思想的大书，这就是日后流芳百世的《吕氏春秋》。

　　时光流逝，嬴政长大成人了，他有着独特的见解、冷静的头脑和果断的决策力。在处理问题上与吕不韦产生了分歧，渐渐地疏远了吕不韦，并力图削弱吕不韦在秦国的影响力。失落的吕不韦把全部精力都放在了编写《吕氏春秋》上。经过八年的时间，这部巨作终于问世，引起很大轰动。嬴政对此也非常关注。

　　赵姬怀了嫪毐的孩子，因害怕事情败露，借故搬离了王宫，隐居到了雍城大郑宫。在此，赵姬为嫪毐生下了两个男孩。嫪毐在雍城居心叵测，广招门客，并让赵姬向嬴政要求给他封侯，吕不韦极力劝阻，但嬴政为了削弱吕不韦的势力，故意给嫪毐又封侯又赐地。

　　不知天高地厚的嫪毐举兵谋反，嬴政轻而易举地平定了嫪毐之乱，并搜出两个孽子，当着赵姬的面活活摔死；嫪毐被判车裂；赵姬败坏宫闱，被免去太后称号，贬入冷宫。

　　吕不韦因送假太监进宫伴太后，犯下欺君之罪，理当处死，但因辅佐朝政功绩卓越，罢去相位，免去‘仲父’的称号，押进大牢日后再判。吕不韦吞下自己种下的苦果，默默忍受。二十七位大臣为吕不韦求情平反皆被斩首，忠臣司空马不为所俱，仍直言相谏，终于打动了嬴政，释放了吕不韦。

　　三个爱过吕不韦的女人——芸姜、华明、乡贞都有相继去世，吕不韦身边只剩下忠心不二的司空马。年老的吕不韦抱着丝帛制成的精装的《吕氏春秋》到王宫觐见嬴政，嬴政接受了他的著作。吕不韦请求嬴政赐他鸩酒一杯，并允许他去冷宫探望赵姬。嬴政亲自送吕不韦到冷宫，在门口吕不韦与嬴政互相凝望，作最后的告别。冷宫内，吕不韦、赵姬——这两个相爱一生的人拥抱在一起。吕不韦问赵姬嬴政的父亲到底是谁？赵姬笑着说她也不知道。秦始皇的身世成了一道千古之谜！