一天，大巴的玩具波意外落在自瑜手中，小巴为讨回玩具波，一直跟着自瑜。自瑜见小巴如见大巴，心中百感交杂，既想收养小巴，却被过去病毒事件的阴影所萦扰。加上不苟自狗肠病毒事件后，十分痛恨流浪狗，更成为渔农署的捉狗队人员。自瑜无法收养小巴，又怕小巴一旦被父亲捉走只会落得人道毁灭的下场，唯有将小巴寄养在隔壁一幢空置的房屋后园中。

　　后来苗隼发现小巴，苗隼见小巴生得与大巴一模一样，不禁回想起前女友为救大巴而牺牲的场面，苗准无法面对过去的伤痛、也无法面对小巴，捉狗队的不苟应苗隼要求来捉狗。自瑜为救小巴，以小巴作为客户的新广告片主角。苗隼为了工作，无奈把小巴留下，但要自瑜负上一切照顾小巴的责任，苗隼与自瑜因而多了相处的机会。

　　自瑜男友海亮是新广告公司的Creative Director。然而海亮却以方便工作为理由，要自瑜隐暪二人情侣关系，发展一段地下情，海亮风流倜傥，身边不乏女性投怀送抱，自瑜多番表示想公开二人情侣关系，但海亮以不想影响工作为由推搪，自瑜害怕失去海亮，即使受委屈仍然强忍。

　　Cancan见自瑜与苗隼过从甚密，也误以为自瑜爱上苗隼。Cancan不想主人被抢走，于是千方百计破坏二人。反而小巴真心为苗隼再找到所爱而感到高兴。虽然此时小巴已被Cancan所吸引，事事迁就着Cancan。但为了苗隼的幸福，小巴第一次违抗Cancan的意思。小巴情愿放弃自己的幸福也要成就二人，情操高尚得令自私的Cancan感到惭愧。

　　自瑜失意间才发觉有苗隼在身边默默支持和鼓励，那种感觉竟比死守着海亮来得幸福自在，自瑜开始觉得苗隼其实比海亮更爱护自己、也更适合自己。但海亮却回到自瑜身边，表现得非常懊悔，剖白由始至终最爱的只有自瑜。自瑜萌生起对海亮不忠的感觉。然而海亮知道自瑜在争扎选择自己还是苗隼，表示无论自瑜决定如何，自己都会尊重。自瑜以为苗隼移情别恋，爱上梓淇，深痛欲绝，又气愤梓淇一次又一次跟自己争男朋友。梓淇斥责自瑜枉费了苗隼一番苦心，道出苗隼其实患有绝症，所做一切只是希望自瑜对苗隼死心。小巴多番追求Cancan都被拒绝，信心为之动摇，小巴曾尝试叫自己移情别恋，难得贵妇狗对自己一片痴心。

　　Cancan失去方知珍贵，对Cancan来说，离开居所就失去安全感，但Cancan都愿意踏出这一步，希望把小巴找回来。

电视剧《当狗爱上猫》分集剧情介绍：

　　周自瑜（胡杏儿饰）曾因收留流浪狗大巴，令父亲的狗场全部狗只受病毒感染而死，连累哥哥周自沾（吕方饰）及阿嫂水天兰（曾华倩饰）转开宠物店为生，所以当遇上大巴的弟弟小巴时，只好听从男友应海亮（黄浩然饰）的意见暂放小巴在隔邻的空屋。

　　苗隼（罗嘉良饰）的女友嘉嘉为救爱犬大巴于车祸中丧生，隼性情大变，任它沦为流浪狗，只愿将爱留给嘉的爱猫Cancan。当隼搬进新屋时，赫然发现小巴，并得知是瑜所养，隼非常愤怒，令同属一家广告公司兼邻居的隼与瑜从此势成水火，公私内外，天天上演「猫狗大战」。