三宝发现店内名贵药材都是假药，禀明梁静仪，梁大发雷霆责令齐汗青追查原由，齐将责任推到张长安身上。

　　齐汗青的师兄来到金陵，齐称有人挡他的路，要师兄助其除掉他。这天，三宝正在医治被齐师兄打得半死的独眼龙，齐偷偷地在药锅内到入毒药，喝了药的独眼龙抽搐而死。

《三宝医馆/医神》分集介绍：第6集

　　三宝见独眼龙突然暴毙不知所措，在死证面前三宝百词莫辩，被清兵抓走。翩翩和叶展鹏研究三宝案件时，叶发现其中有疑点，阐明自己的看法。翩翩与齐汗青谈及此事，两人各执己见。翩翩拜托齐汗青营救三宝，齐假意答应。齐汗青偷偷面见提督大人，称只想达到将三宝赶出回春堂的目的。三宝被放出来，但仍然内疚自责。三宝向梁静仪辞行，决定上山找师傅解答疑惑，并委托他们代为照顾温柔。

　　三宝回到山中见到师傅，讲出这段日子来自己的经历，师傅鼓励三宝不要气馁，并建议他重回回春堂，不要错过机缘。

《三宝医馆/医神》分集介绍：第7集

　　三宝师徒二人来到山洞，师傅拿出一个锦囊和一卷手稿交给三宝，让他写一本医书概全留给后人，自己即将往生，要三宝下山回回春堂医世救人，然后与世长辞。

　　温柔失踪了，翩翩要与叶展鹏去找她，被梁静仪阻止，母亲向她提起她与齐的事，才知翩翩喜欢的是叶展鹏。温柔跑到亲人坟前哭诉，叶展鹏赶来安慰她，二人决定去找三宝。三宝在温柔和叶展鹏的开导下，终于决定下山到张府治病。

　　梁挺上门求亲，却令回春堂惊慌不已，齐汗青回来，二人约定比武定输赢。处在两难中的翩翩称，此二人都不嫁。

《三宝医馆/医神》分集介绍：第8集

　　三宝去医治张寡妇，他们在草屋内找到张，原来张染上怪病，大了肚子，遭到村里人的唾弃，三宝决定帮张开刀治疗。就在此时，温柔被绑架了。三宝为张开刀取出肿瘤后，不见温柔。叶展鹏一路寻找，终将温柔救回。

　　梁挺求亲不成，闷闷不乐，这时小兰送来一封信，信上要他备马两匹，明日桥头碰面。梁挺高兴地以为翩翩要与他私奔。原来翩翩是去找温柔，梁挺败下兴来，只好陪同前往。

　　三宝一行客栈投宿，叶展鹏突见轿内女子大惊，便跟踪而来，得知她是妓院的红角叫如烟。叶回到客栈，感觉店内异常。三人吃饭时，突然杀手冲进来抓温柔，杀手太多，叶要三宝带温柔先走，自己身中数刀。翩翩发现昏死的叶，把他带进药店，亲自治疗。梁挺去找三宝，在牌楼下三人相遇。忽见牌楼上吊着一个人，三宝执意将此人救下。

《三宝医馆/医神》分集介绍：第9集

　　梁挺等人相聚，欣喜。三宝将所救之人背回，叶展鹏认出此人就是救他的人，并恳求三宝救活他。清兵要抓梁挺，指他拐骗翩翩。翩翩质问齐，齐称这是翩母的意思。翩翩向母亲解释，遭到责怪，在三宝和温柔的请求下，翩母答应留下所救之人。翩翩让齐汗青将梁挺放出来，齐汗青却买通官差，将梁挺毒打一顿，并威胁他好自为之。

　　三宝去找一尘道人，一尘却不在。赤松道人画了一张一尘道人的画像，三宝四处寻找，未果。此时因天津来的海老板大量收购草药，导致板蓝根紧俏，三宝来找海老板让一些药给回春堂，不料被其戏弄。瘟疫即将爆发，齐汗青与海老板勾结抬高草药价格，回春堂看病人数增多，邱大夫忙不过来，准备请一名新大夫……