《旗舰》分集介绍：第二十四集

　　潜艇在300米的水下开始了长期航行的演练，水兵们从兴奋期，到烦躁期，再到最后的呆滞期，挑战着人的生理极限。

　　南克江的潜艇在水下克服了重重困难深潜了90天，郑秀竹在岸边默默为他祈祷等待了90天。

　　潜艇终于完成我军潜艇的有史以来最长的长航，也挑战了外军长航时间，当南克江撑着疲惫的身躯登出潜艇时，迎接他的是秀竹的深情拥抱，两个人终于揭开误会，和好如初。

　　谢庭群在爱情上失败了，他不甘心就这样输给南克江，当基地将南克江提任艇长的报告上报舰队时，他再次假传圣旨，给压了下来。鲁淮成坚决抵制舰队派来的关系干部，坚持南克江代理艇长的职务，一直带到正式任命到达为止。

　　在精选未来旗舰舰长问题上，鲁淮成别出心裁搞了个心理测试，叫秦思婷专程到中国科学院搞来一套心理测试的教材，对所有候选人进行室外高台上，边行进边回答问题，由此淘汰了一批候选人，最后只剩下陈建军和郑远海两人，他们经过较量，最终打成平手。

《旗舰》分集介绍：第二十五集

　　梅得贵想娶个媳妇，但需要给媒人一些钱，为此他来到东江，想找梅杏儿要钱，但又不好意思开口，为了给自己壮胆，他喝了很多酒，当见到梅杏儿时，自己已经呼呼睡去，梅杏儿将父亲扶到床上，突然听到梅得贵说的胡话，他嘟囔着说梅杏儿不是检来的，是亲生的，这引起了梅杏儿的疑惑，她看着自己的照片，觉得自己与父亲长的太不象了。

《旗舰》分集介绍：第二天梅杏儿来到鲁淮成办公室给他量血压，她要了鲁淮成失散的女儿照片，和自己小时候的照片对照，觉得长的很象，她决定到市里的妇幼医院去查她母亲去世时的挡案。终于证实她所谓的母亲是个谎言，因为她是难产而死，这进一步证实了小时候村里人说的自己是检来的传言。

　　于季东来找梅杏儿没见着，见到了梅得贵，他高兴的把梅得贵接到酒店为他接风，并给了梅得贵十万元的见面礼。

　　秀竹匆匆找到刚刚下舰的郑远海，把母亲的藏着的胃癌晚期诊断书拿给哥哥看，郑远海惊讶。他们装着若无其事地回到家里，结果许欣芳给郑远海洗衣服时，从口袋里摸出了那张诊断书，三人都相互知道了真情，许欣芳觉得有必要见见鲁淮成，向他公开一切。

　　鲁淮成把他们接到了自己家，为两家人团圆高兴，当得知郑远海一家住的是租来的房子，马上命令营房处，成立清房小组，给一线干部都分上房子，这样，郑远海一家终于住上了分配的住房。

　　许欣芳觉得自己的日子不多了，希望郑远海能把婚接了，这是她对儿子的请求，郑远海经过思考，找到了秦思婷，向她求婚，坦言是因为母亲，但会努力去爱，但遭到了秦思婷的拒绝。

《旗舰》分集介绍：第二十六集

　　于季东赶到基地医院，正碰上梅杏儿送梅得贵回乡，于季东不由分说把梅得贵拉到了一个豪华宾馆套间住了下来，梅得贵高兴的决定不走了，梅杏儿无奈地只能先这样将就着。

　　郑远海和陈建军在海上值勤，突然一架不明国际的无人侦察机在186舰上空盘旋，郑远海电告陈建军应该把它击落，陈建军回答得请示基地，郑远海觉得这是对我海军的挑衅，等基地来命令，侦察飞机早就收集完情报溜走了，他不顾政委的劝阻，毅然发射导弹击落无人侦察机，侦察机的残骸落下时，险些砸到 186舰的尾部，但落水的弹片还是使两名战士受伤。