海上，先进的186舰发现右舷二海里，水下六十米一艘潜艇在悬停，陈建军误以为是南克江的086，怕郑远海再次抢得先机，赶紧独自启动，通报给郑远海后就关闭电台只身前往。郑远海根据基地在一个小时前发来的通报所叙，086潜艇在六号海域停泊，不可能这么快就来到这里，很可能是不明国籍的潜艇，如果陈建军用模拟弹攻击它，它就会实弹回击，那后果不堪设想。郑远海紧急命令实弹做好反潜准备，并声纳核实是否是我方潜艇，姜喜子确认是涂有吸波材料的外军潜艇，由于186关闭了电台，郑远海果断命令向186舰和不明潜艇之间的空挡炮击。陈建军惊讶地看着前方炮击的水柱，打开电台才知道前方水下是不明国籍潜艇。不明潜艇受到惊扰，赶紧启动朝公海逃窜。

　　鲁淮成接到报告，命令追击不明潜艇，一定要活捉它。

　　郑远海588舰快速抄近海的八号海域准备拦截不明潜艇，陈建军的186舰在后面紧追。

　　基地作战室紧张地接到海上报告，郑远海的588在八号海域触礁，堵漏时多名官兵负伤。返港后郑远海被基地宪兵带走，再次陷入绝境。

《旗舰》分集介绍：第三十一集

　　舰队调查组进驻基地，郑远海被隔离。但陈建军的心里一点都不轻松，他经过激烈的思想斗争，最后决定说出真相，勇敢地承担责任。他把真实情况的报告交给谢庭群，希望他转交给父亲，因为他不敢对视父亲的眼睛。

　　谢庭群为保护陈建军，私自将报告内容更改，送交了舰队。

　　调查组做出处理意见，郑远海按战士复员，父亲当年也是在八号海域触礁船沉，也是按战士复员处理，历史惊人的相似。

　　郑远海来找陈建军道别，感谢他对自己的帮助，使自己不枉穿这身军装，陈建军不解，自己报告说得很清楚，怎么还处理郑远海？他来到父亲的办公室，陈敬国去北京开会，谢庭群承认是自己把报告更改，陈建军狠狠给了他一拳。

　　陈建军闯入正在宣布郑远海处理决定的会场，向所有领导和官兵说出了真相。陈建军希望鲁淮成在处理决定出来之前，不要让自己父亲知道，他不愿意人们说他的每一步都是在父亲的庇护下走过来的。

　　工作组重新认定了事故责任，但处理意见希望基地做出，难题甩给了鲁淮成，鲁淮成怀着沉痛的心情来到医院见陈敬国，见到老首长他又欲言又止，这是他一生中第一次没有快人快语，他一字不提地离开了医院。

　　鲁淮成和基地党委最后做出决定：陈建军按战士复员。陈敬国接到报告一句话没说，在上面签上了自己的名字。

　　深夜，陈敬国请儿子陈建军喝酒，父子俩含泪把酒，倾诉衷肠。谢庭群站在门外感动得热泪盈眶。

　　第二天，陈敬国亲自来到基地宣布了处理决定。

　　陈建军向鲁淮成道别，鲁淮成嘱咐他：不管别人怎样评介你，记住脱下军装也不要忘记自己曾经是个军人。

　　郑远海问陈建军为什么要承认责任，陈建军回答，你比我留在军队更有用。并嘱咐他一定要抓住那条“鲨鱼”。

《旗舰》分集介绍：第三十二集

　　陈建军整理好行李，看了看自己的舰长室，来到甲板，全体官兵向他敬礼。陈建军含泪向军旗行了他最后一个军礼，转身迈着大步离去。