《旗舰》讲述了中国海军新一代舰长成长的感人故事……

　　《旗舰》讲述了中国军人爱情、友情、亲情，比天高比海蓝的动人故事……

　　《旗舰》是海军舰艇编队的指挥舰；是新军事变革中新观念的旗舰；是当代海军指挥员综合素质的旗舰；是军队现代化、信息化进程中的复合型人才的旗舰……

　　故事大纲：

　　海军某测量船船长郑冀当年是东江基地的测量船船长，在一次执行任务时出现了沉船事故，导致老战友鲁淮成(王庆祥饰)的妻子女工程师高明艳牺牲。农民梅得贵的妻子难产被送到城里的医院，孩子夭折。面对生命垂危的妻子，梅得贵为安慰妻子抱走了鲁淮成托付郑妻许欣芳的女儿，但却并没有能够挽救妻子的生命，当他想送还孩子的时候，却找不到了许欣芳，又因内心害怕将孩子抱回了农村家中，取名梅杏儿(何苗饰)。鲁淮成率舰返航，得知妻子牺牲女儿丢失的噩耗。不久郑冀被处理转业回乡。三年后，郑冀在寻找鲁淮成丢失的女儿途中收养了孤女郑秀竹，不久病故。十几年后，郑冀的儿子郑远海(贾一平饰)为了确父亲当年建设强大海军的愿望，大学毕业后入伍来到海军东江基地。一批地方院校毕业的大学生，怀着对海军的崇敬和保卫海域的远大抱负，也参加了海军。已经升任基地参谋长的鲁淮成为了强化这些学生官的军事素质，安排他们到海军陆战旅训练，并任命曾在陆战队工作过的295舰导水长陈建军(陆剑民饰)担任队长。陈建军是陈司令员(高明饰)的儿子，他严格要求，对学生官们进行了魔鬼式的训练，大强度的训练导致部分学生难以忍受，双方产生矛盾，于季东深感军营生活与理想中的差距较大，不顾郑远海的劝阻，离开军营。自此，几位步出校门的大学生开始了完全不同的人生轨迹。

　　郑远海在训练中结识了女兵秦思婷(傅冲饰)，二人成为好朋友。秦思婷探家，巧遇了于季东，于季东倾慕秦思婷的美貌，渐渐爱上了她。而秦思婷却暗暗喜欢上了郑远海。

　　鲁淮成没有发觉郑远海就是郑冀的儿子，并对才华横溢的他大加赞赏。为了改变郑远海狂傲的性格，出乎意料地安排他去猪场喂猪，郑远海大发其火，去找接他入伍的陈建军理论，又被陈建军斥责一通，悻悻到猪场上任。不久就因虐待猪和饲养员姜喜子大打出手，被鲁淮成派到深山中去保护演习通讯线路。在山上，郑远海认识了农村放羊的女孩儿梅杏儿，并鼓励辅导她报考军校。郑远海在维护线路时与盗窃份子相遇，经过一翻智慧与毅力的较量，终于擒获盗窃份子，保证了演习通信的安全。

　　在鲁淮成的安排下，郑远海报考了舰艇学院研究生，陈建军也被送到舰院舰副长班学习。海湾战争前，郑远海以其敏锐的洞察力预测美军必胜，遭到教员的讥讽，却得到院长的赞赏，事实果然证明了郑远海的正确。在海上实习舰长时，郑远海却因指挥失误导致训练舰撞毁小渔船，而面临严重处分，已经成为化迪公司董事长的于季东找到渔船主人，重金赔偿，院长为培养人才宽大处理，郑远海才得以留校继续读书。

　　陈建军提任副舰长，郑远海毕业后当了航海长，二人在工作中因观念不同逐渐产生矛盾，郑远海也终因性格莽撞又一次付出代价，在八号海域差一点导致军舰触礁，幸亏陈建军凭着丰富的经验避免了事故发生。郑远海终于留了下来，并不断走向成熟，鲁淮成顶住压力派他到法国留学。