梅得贵告诉梅杏儿一个秘密，当年为了给母亲治病，家里欠下了柱子家一笔债，多年未还清，无奈之下答应了梅杏儿长大后嫁给柱子，梅杏儿坚决不同意，柱子却缠住不放。梅杏儿努力学习，终于考上了军医大学，并和同学秦思婷成了好朋友。秦思婷为了帮助梅杏儿摆脱柱子的纠缠，找到一直追他的于季东，于季东帮助梅杏儿还了钱。不久，秦思婷和梅杏儿毕业双双来到东江基地医院工作。

　　鲁淮成在医院与梅杏儿擦肩而过，却隐约感觉与梅杏儿之间好象存在着某种不可割舍的情感。

　　郑远海从国外学成归来，几年后成长为一名护卫舰舰长，此时的陈建军也早成了基地军政素质俱佳的一名驱逐舰舰长。但新老观念的撞击终于在二人身上强烈地爆发出来。秦思婷强烈地爱着郑远海，郑远海却钟情于梅杏儿。鲁淮成为了加大人才培养力度，把郑远海送到法国三军防务大学留学。陈建军升任驱逐舰舰长，郑远海归国后被任命为护卫舰舰长。

　　国产现代化的新型指挥舰即将列装，在舰长的选择上，郑远海成了陈建军最大的竞争对手。在对抗W国潜艇的军事行动中，陈建军出于私心，故意隐瞒军情，导致W国潜艇逃脱，郑远海毅然率舰追击，误入八号海域，导致军舰触礁受损。上级事故调查组决定处理郑远海转业，鲁淮成此时已经知道了郑远海是老战友郑冀的儿子，在亲情与军法上，经过激烈的思想斗争，在报告上签了字。

　　陈建军面对郑远海深感内疚，终于挺身而出，承担了责任，转业回到了地方。梅杏儿感激秦思婷对她的帮助，知道秦思婷深爱郑远海，悄然离去。于季东向秦思婷表白遭到拒绝后，爱上了梅杏儿，不久，于季东公司财务出现危机，情急之下卷入了一起文物走私大案。郑秀竹历经千辛万苦终于知道了梅杏儿就是鲁淮成亲生女儿的线索，正当谜底即将揭开之时，突遭车祸陷入深度昏迷。

　　梅得贵病重，梅杏儿为了给养父筹集手术费，无奈接受了化迪公司董事长于季东的巨额资助，却陷入了一个巨大的圈套，深知秦思婷为郑远海而痛苦的梅杏儿最后被迫做出了嫁给于季东的决定。正当于季东催促她去登记的时候，鲁淮成发布了演习命令，梅杏儿做为医疗人员随舰出海。秦思婷把父亲留给她的钱交给郑远海替梅杏儿还帐，然后调回到了母亲身边工作。已经在缉私艇大队担任大队长的陈建军揭露了化迪公司黑幕，于季东受到法律制裁。鲁淮成顶住压力任命双学历的硕士研究生郑远海为海军新型驱逐舰旗舰舰长。

　　许欣芳被检查出患了绝症，为了不拖累儿子郑远海，也怕自己走后女儿无人照顾，决定和女儿一起离开人世。郑远海从海上训练归来母亲已经死去，而郑秀竹却在中药的作用下却奇迹般的渐渐苏醒。鲁淮成和亲生女儿梅杏儿相认，鲁淮成老泪纵横。中国渔船受到不明国籍的船只威胁，正当渔民们感到绝望之时，郑远海率驱逐舰赶到，渔民含泪高呼祖国万岁！中国海军万岁！

　　鲁淮成退休了，在梅杏儿的陪伴下来为即将率出访的郑远海送行，在郑远海指挥的旗舰带领下，特混编队消失在海平线上，留下了一条永不消逝的航迹……

电视剧《旗舰》分集剧情介绍：