康熙皇帝接到张伯行的急奏十分震惊，老相爷张廷玉建议皇上从政治大局考虑而接受张伯行的建议，派钦差速奔江南查案，公正处理此案，而让南方的汉族士子归心于朝廷。老中堂明珠却劝说皇上压下张伯行的奏折，不理江南科场一案。康熙思之再三，决定不惜撤回自己给江苏官府送去的金匾，派户部上书张鹏翮为钦差大臣，火速赴江南调查。

　　张鹏翮本与张伯行关系甚密，是他在任河道总督时发现了张伯行并向皇上举荐了他。张鹏翮与噶礼的私人关系也不错，所以他满怀信心地来到了江宁，紧锣密鼓地进了查案。审案进行得十分顺利，正当张鹏翮要对榜首八名举人重新复试之时，突然张鹏翮的儿子赶来，请求父亲救他。原来，其子由于私开粮仓赈灾，违犯朝廷大律，面临杀身之祸，把柄落于他人之手，成为交换条件，令其父不得再审理此案。张鹏翮为救爱子，只得将对榜首八举子的复试改为只公布部分考生的试卷，只处理了已查实作弊的富商子弟程光奎一人。

　　伍思贤因心情烦闷而与谢小玉一起饮酒，酒醉之后误以为自己已经与小玉有染，心情更加沉重。偶然的机会他得知谢母与李奇暗有来往，谢大光参与舞弊已是事实。本来伍思贤打算向钦差大人说出李奇，可为保谢小玉一家只得违心地保持沉默。

　　生员卓尚德生于贫寒之家，其母为了能让儿子下一回考中而不惜答应李奇给一位大户员外借腹生子。卓尚德得知后逼着母亲堕胎使其母大出血而死。这一刺激使卓尚德决定不惜出卖人格也要跃过龙门，于是他认贼作父，当上了李奇的干儿子，帮着李奇来坑害张伯行。

　　张伯行劝说张鹏翮无效，只得自己亲自再查此案。陈天立收集了张伯行的七大罪状，不断给他进行栽赃陷害。张伯行防不胜防，无奈之中得到江宁织造曹寅的指点，让张鹏翮远走福建，自己再次上奏康熙，请再派钦差。噶礼得知张伯行再次上奏并弹劾自己，于是让陈天立想办法压住张伯行送到驿站的急奏，自己恶人先告状，一份弹劾张伯行的急奏发往紫禁城。

　　噶礼弹劾张伯行的奏折使康熙十分恼怒，正要严厉处置之时，张廷玉劝说皇帝不要急于下结论，等张伯行的奏折来了再说。不久张伯行的奏折也送抵，康熙看了大惑不解--督、抚互参，各说各的理，使他一时难以弄清谁真谁假，谁对谁错，遂决定另选二位精明能干的钦差，再赴江南，查办此案。

　　这一回被选派的两位钦差是户部尚书穆和伦与工部尚书张廷枢，张廷玉送别钦差时暗示他--一定要保住张伯行。而穆和伦临行时也受了明珠妻子之托，让他关照其侄儿佟裕贵。(本站剧情频道 全国电视节目预告)

　　二位钦差到了江宁之后，大刀阔斧，雷厉风行，使科考弊案有了突破性的进展。突击测试的九名举人有四人不及格，而佟裕贵由于事先得到考题顺利过关。伍思贤为了保住谢小玉一家，宁可入狱坐牢也不肯说出实情。张伯行只得做谢小玉的工作，终于从谢小玉的嘴里得知李奇是贿案的牵线人，只要抓住他，便能破获此案。于是帮钦差智抓李奇，李奇交待出赵晋、陈天立等人。