二钦差以为大功告成，不再查科场之案，分头查噶礼与张伯行的问题。穆和伦查噶礼时只是应付差事，并不认真，不料另一个钦差张廷枢却真的查起张伯行来，狱中的李奇受噶礼师爷的唆使，故意给张伯行栽赃陷害。张廷枢不辨真假，一道密奏参到皇上那里。

　　张伯行认定江南科场案依然没有查清，坚持一查到底，但受到二钦差与噶礼的反对。张伯行不肯向他们屈服，决定冒身家性命的危险，与恶势力周旋到底，欲进京见见圣上讲明真相！噶礼闻之害怕，决定除掉张伯行，密派杀手鲁永前去行刺。张伯行的夫人为了保护丈夫而死。张伯行腿部负伤不能行动，只得在家养伤。谢小玉对张伯行心中有愧，主动前来照顾。

　　随之，关键的证人陈天立，无端死于狱中，造成死无对证的局面。加上伍思贤的父亲，因为忧心儿子，而死于心脏病。悲痛交集的伍思贤在狱中从李奇口中得知谢大光并不是靠行贿才考中的，更不愿让父亲白死，决定再次翻供。

　　康熙皇帝接到张廷枢的奏折十分生气，这时他布在江南的眼线曹寅一连送来三道密奏，将江宁的实情如实禀报。与此同时，康熙又接到张伯行奏折--科场舞弊只惩从犯，不惩首犯，难平江南人心；朝廷王法不惩枉法大吏，大清刑律实已名存实亡。我伯行革职事小，朝廷安危是大，请陛下再派贤臣重新审理。"康熙读后龙颜大怒，盛怒之下召回二钦差，命将所有案犯押至京城，他要御驾亲审此案。

　　噶礼为彻底打击张伯行，发动富商家眷，进行抬棺撒冥纸抗议，包围张府令其断炊；而百姓为声援清官，自动自发送来果菜，张伯行虽然艰苦，却之手下艺术青菜，一块豆腐，在场众人无不感动，民众对立情绪逐渐扩大！

　　噶礼为了让伍思贤彻底闭口，下令劫持了伍思贤的娘子秀敏，并切下秀敏的一根手指来威胁伍思贤。贾师爷奉噶礼之命前去给谢小玉提亲，实际上是要谢小玉给明珠做小妾，将谢小玉当成厚礼送给明珠。谢小玉为了帮助张伯行与伍思贤，假意答应了贾师爷，跟噶礼一同去了京城。

　　明珠因皇上亲自交代，会同六部九卿官员同审江南科场一案，他们揣摩圣意，将案有所有的漏洞全部堵上，然后将噶礼与张伯行二人一同解职问罪。噶礼无计可施情况下，出卖了明珠藏娇的金屋，故意让明珠的妻子逼他就范。伍思贤担心妻子遭伤害，再度承认自己是受张伯行的暗中指使而诬告佟裕贵。明珠判他"欺君之罪"，定下了斩立决，并当堂释放了佟裕贵，抓起了张伯行！

　　康熙万没想到--明珠与六九官员居然会搞出这么一个八面玲珑的杰作，他想亲审，但是伍思贤不肯改口，此案便成铁案，无法再审下去。康熙气得将判决书扔在地上，仰天叹道：荒唐，真荒唐！人和贼一起问罪，清廉的贪赃的一起惩办，天理何在，国法何容？

　　伍思贤的丫环春梅是位重情重义的女子，她冒死救出秀敏，然后与和秀敏母子一同上京告御状；谁料，半途遭卓尚德带着噶府恶奴追杀，秀敏只得投江，将救伍思贤的重任交给了春梅。春梅卖身葬主，怀带秀敏交给她的重要证物，到京城都察院滚钉板、告御状，终于感动了康熙，就在伍思贤要被开刀问斩的紧要关头，康熙及时制止了行刑，传旨六部九卿，他要在乾清宫亲自重审此案。