另一边焦急的妈妈发现孩子们都没回家，急得要开车到墨西哥找分居的爸爸。而Elliott陪着E.T.直到天亮，却发现E.T.不见了。早上警察询问Elliot失踪的原因，焦急中却发现河边憔悴的Elliot傻傻地站在了一旁。Elliott问哥哥E.T.在吗，并拜托哥哥找到E.T.。于是哥哥飞速骑着自行车向森林出发，有山脚直接骑上了一个坡，甩掉了跟着他的汽车。哥哥发现了挂在树枝上的鬼服，看见了摔在河边肤色变白的E.T.,连忙拿毛巾裹住了他。回到家后，哥哥麦克对妈妈一定要保密，并给妈妈看了生病的Elliot和E.T.,妈妈看到活的ET喊mom,吓得赶忙催孩子下楼，在E.T.的嘶鸣中拽走了哭喊的Elliot.但背着妹妹的麦克打开大门看到了穿着宇航服的人，妈妈带着麦克从别的出口走，却发现四面八方来了穿宇航服的人，而在远处恢宏的穿着防护服的人员和警车赶来，Elliot的家也被封锁了。一边E.T.和Elliot开始治疗，一边医护人员询问Elliot和E.T.的状况，经过化验发现E.T.蛋白质与人类不同，二者脑电波同步。不幸的是二者体温持续下降，生命迹象减弱，血压下降，但Elliott的情况突然稳定了，二者这生物分离了，而E.T.却快要死了，同时哥哥也发现妹妹送给E.T.的花在快速衰败着。最终经过人工呼吸、强心剂、电击也没抢救过来，E.T.被装入了冰袋，那个曾经窃听小男孩谈话、对外星人感兴趣的工作人员善意地让小男孩与E.T.独处了一会。伤心的小男孩看着E.T.，说着”我什么都感觉不到“，绝望的承认E.T.死了，这时却突然发现妹妹送给E.T.的那盆花又奇迹的恢复了生机，匆匆忙忙打开了冰袋，发现E.T.的心脏又发出了橘红色的光芒，E.T.又在不停的叫”E.T. phone home",小男孩高兴的ahha 大叫起来，“这表示他们要到了吗？”男孩问，“是的”ET睁大着眼睛回答说，男孩ah的一声叫了出来，用衣服挡住了E.T.胸前的光芒，要E.T.安静，不要乱动，又假装哭了起来，被工作人员拉走后，发现妹妹送给E.T.的那盆花更茂盛了，兴奋大叫着将E.T.活着的消息给告诉哥哥麦克。另一边年幼的妹妹把哥哥写的信给了妈妈。

　　Elliot跑过透明管道跑上运送E.T.的车，与哥哥联手开走了车，冲过围观的人群，哥哥跟人群中的同学说：“骑着车！到山顶的广场去！”，朋友们带着车和他们在游乐场会合，孩子们骑着车载着E.T.向山顶出发了，汽车在孩子后面疯狂猛追，孩子们分头行动，但会合后发现了等待着他们的长枪，这时Elliot与E.T.又一次有了感应，E.T.也又用了意念让孩子们的车都飞向了天空，Elliott找到了通讯器，在森林的一片黑暗中，顺着光亮也意识到飞船着落了。E.T.跟大家告别，对妹妹说了妹妹教过他的话”be good“（乖乖的），对哥哥说了谢谢，Elliott缓慢走到E.T.面前，ET:"come"(跟我走），Elliott：“stay"(别走），"Ouch”ET在面前比划，Elliott也在面前比划，之后他们久久的拥抱着。妈妈和那个对外星人好奇的男子也目睹了这一切。

　　终于E.T.抱起了妹妹送给他的一盆花，茂盛的花和他的身影走上斜梯，消失在一片光芒中，飞船缓慢上空，突然飞船在高空停滞一下，化作更亮的光点，忽的飞速向宇宙飞去，只遗下划破天际的彩虹，映衬着暗蓝色的天空。地上的人表情各异，复杂、痛苦、伤心、欣慰、惊异、震撼…&helli