乾隆以消灭红花会和消弭证据为饵，于以西域力量为胁。于感到对乾隆失控，但也决定铲除红花会，卫、石、二人铲除杨成协和蒋四根，却杨死前留言予赵半山。于加强对西域的控制，叫艾卓尔请他爹与霍的爹木卓伦议亲，并为推举盟主做争端。

《书剑恩仇录》分集介绍：第38集

　　七族选盟主之日，艾卓尔的爹故意生事，最后定了由艾卓尔与霍比武定盟主。比武之前，于使人将霍打伤，霍无法出席比武选盟主，霍在袁帮忙下，勉强出席大会，把于的阴谋打破，木卓伦仍为盟主。

　　乾隆深觉时机成熟，以出兵西域为由，将兵权从亲王手中收回，太后也深感没法。乾隆也发现西域大将军兆惠与八王爷有关，也等如说他九王爷于万亭有可能拉上关系。

　　于除了再以杀杨成协和蒋四根是乾隆下的手来加强乾隆与红花会的矛盾，更希望抢到证据，红花会就再没有利用价值了。

　　红花会中人怀疑卫、石的身份，设计显示了收藏证据的地点，引蛇出洞，将于、石、卫一并引出。陈与于义父子之情恩断义绝，红花会与于的关系也再没有了，卫、石两人被于所杀，于也逃走了。

《书剑恩仇录》分集介绍：第39集

　　无尘为了当年于万亭相救之恩而没有下杀手，被于乘机打伤而亡。

　　于与乾隆再谈判，竟发觉乾隆己洞悉一切，乾隆反过来开出条件,要于扫除红花会，权位才可以给于，发觉乾隆已全占上风，虽深明去剿灭红花会毫无胜算，不去却复位无望，于只能孤注一掷了。

　　皇太后也知无法抑制乾隆颁发复位的御旨，只有同意。乾隆命九王爷以亲王身份带兵剿灭红花会，九王爷终得尝所愿，恢复权位。

　　红花会中人觉得于万亭虽然以允禟之名筹组红花会，红花会毕竟宗旨是恢复汉服，又能为汉人争取平等，故坚持以红花会入宫与乾隆谈判。

　　允禟带清兵围剿红花会总舵，未想到乾隆要白振当场宣旨撤兵，乾隆借红花会之手杀允禟，陈家洛杀于万亭。

　　清兵增兵扫平七族的消息传到红花会，木卓伦战死，霍青桐香香失踪。清兵灭七族，香香被掳入宫，乾隆发觉当年赠陈家洛之玉佩竟在香香手上。

　　陈家洛等人都赴京与乾隆面。并将证据交予乾隆，乾隆要陈家洛对香香放手作为恢复汉室的条件。

《书剑恩仇录》分集介绍：第40集 (大结局)

　　家洛带香香往西山一游以完当年对香香的承诺，在西山，香香决定像玛米儿一样杀暴君，要回到乾隆身边，陈家洛不知如何处理。

　　太后己觉无法控制乾隆，拿出先皇遗诏，以八旗亲王统领兵权，并把遗命送到雍和宫以百亲兵监督，就算乾隆也不能开启，逼迫乾隆。

　　乾隆决定邀请红花会到雍和宫以议事为名，想一并把雍和宫的先帝遗诏，和红花会等烧死，以絶所有后患。

　　乾隆去见香香要骗香香从他，香香知道最终乾隆是要灭红花会，香香企图杀乾隆不遂而自杀，乾隆悲恸不已。

　　白振通知陈家洛赴会，因白振曾受陈之救命之恩，但知道这宴不是什么好宴，言词闪缩，,再加上香香死讯传来，众人知暗藏杀机。

　　雍和宫里果然不出所料，乾隆命人烧雍和宫，杀众人，红花会人绑架福安康而逃走，最后乾隆把众人放走。太后得知雍和宫为大火所烧，已知无力牵制乾隆。其实对乾隆来说，汉人皇帝满人皇帝，对他还不是一个皇帝，只不过他是要出卖祖先兄弟，牺牲心爱的人才能做到。